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华大海洋再次获得软件著作权登记证书
发布日期:2021-04-06  来源:华大海洋官网
       近日,华大海洋自主编程及申报的计算机软件《基因组抗菌肽序列预测软件V1.2.7》通过审查,正式获得授权(图1)。

       该软件的推广应用将会助力基因组抗菌肽序列的高效预测,推动新型抗菌肽药物的研发。


图1 软件著作权证书(登记号:2021SR0424886)
 
       据研究人员介绍,抗菌肽(AMP)是一类具有抗菌作用的多肽,由巨噬细胞和中性粒细胞的溶酶体分泌形成。

       这些多肽在脊椎动物针对外源侵袭性细菌感染后的先天免疫反应中扮演着重要的角色,可替代抗生素,具有良好的应用前景。

       然而,抗菌肽的长度可从10个氨基酸残基到100个氨基酸残基不等,且结构多变,目前尚不容易获得用于从基因组规模数据来预测抗菌肽序列。

       基于此,华大海洋自主编写了一款基因组抗菌肽预测软件。本软件使用机器学习方法:随机森林、支持向量机、贝叶斯,对抗菌肽数据和非抗菌肽数据进行训练及预测。

       用户可以自定义机器学习模型的部分参数,使结果更加准确,且本软件使用python编程语言编写了可视化界面,使整个分析过程更加清晰明了。
 

图2 软件主界面(GUI使用pynsimpleGUI编写)
 
       此前,华大海洋已有一件《全基因组重测序流程软件V1.6.4》获得授权,该软件的主要功能是对测序数据进行过滤处理、比对,并使用主流的三种方法同时进行位点变异检测,然后进行全基因组关联分析,最后对显著的变异位点进行注释和功能信息预测。
 

图3 软件著作权证书(登记号:2020SR1208323)
 
       本软件使用python语言编写,代码清晰易懂,易于调试和修改,且软件为命令行式(CLI),使用时不受平台限制。

       该软件可应用在大规模基因组数据的解读、分析,特别是动植物分子育种时可对大量全基因组重测序数据进行综合处理。

       全基因组重测序流程软件的推广应用,将会加速推进华大海洋在水产生物种源经济领域的蓬勃发展。